Der Flughafen Schönefeld wird mit der Inbetriebnahme des Flughafens Berlin Brandenburg als Terminal 5 ein Teil des BER. Bereits am 25. Oktober 2020 mit dem Wechsel vom Sommer- zum Winterflugplan erhält SXF den IATA-Code BER. Damit der Flughafen Berlin Brandenburg als Standort mit mehreren Terminals den Anforderungen gerecht wird, wurden am Flughafen Schönefeld umfangreiche Um- und Ausbauten vorgenommen. Zur Runderneuerung gehören neue Sicherheitskontrolltechnik, die Anpassung des Wegeleitsystems und die Errichtung von Flugbetriebsflächen.
Bereits seit Ende März tragen die Terminalbereiche am Flughafen Schönfeld die neuen Bezeichnungen KLMQ. Damit werden Doppelbezeichnungen im Betrieb des BER vermieden. In dem Zuge wurde auch das Wegeleitsystem an die Farbwelt des BER angepasst. Mit der Umstellung des 3-Letter-Codes wird auch der große Schriftzug auf dem Dach ausgetauscht und wird künftig „BER Terminal 5“ lauten.
Für die Passagiere wurde die Qualität der Abfertigung zum Beispiel durch den Umbau des Pier 3a des Terminalbereichs K deutlich verbessert. Zudem wurde der Sicherheitskontrollbereich im Terminalbereich K neu strukturiert. Dabei wurde die alte Fluggastkontrolltechnik erneuert und dem aktuellen Standard der Handgepäckkontrolltechnik angepasst, zudem wurden die Sicherheitsscanner für Fluggastkontrollen ertüchtigt. Die Anzahl der Kontrollspuren wurde von vier auf fünf erhöht. Hierfür musste auch der Gebäudezugang verlegt und der Übergang zum Terminalbereich L geschlossen werden. Bis Ende des Jahres werden noch weitere Räume der Bundespolizei errichtet. Darüber hinaus erfolgte ebenfalls in Zusammenarbeit mit der Bundespolizei die Ertüchtigung der Gepäckprüfanlagen. In diesen werden die Koffer der Passagiere nach der Gepäckaufgabe kontrolliert.
Mit der Eröffnung des BER wird der Flugbetrieb im sogenannten Double-Roof-Betrieb erfolgen. Die Passagiere werden je nach Airline entweder im T5 im Norden oder im T1/T2 im Midfield einchecken und boarden. Die Flugzeuge, die am ehemaligen Flughafen Schönefeld zum Einstieg bereitstehen, werden wie bisher zur Nordbahn des BER rollen und von dort starten. Die südlich am T1 stehenden Flugzeuge starten von der Südbahn. Um den Betrieb im Norden parallel zum Betrieb des Regierungsflughafens vom Interimsstandorts sowie zum Neubau des Regierungsterminals zu ermöglichen, wurden die Flugbetriebsflächen am Flughafen Schönefeld ergänzt. Das Volumen der Gesamtbaumaßnahme über drei Jahre liegt bei 40 Millionen Euro. Insgesamt wurde 23.000 Quadratmeter Vorfeldfläche in Betonbauweise sowie 100.000 Quadratmeter Rollwege und Betriebsstraßen in Asphaltbauweise errichtet. Die neuen Rollwege K5 und K6 ermöglichen ein schnelles und paralleles Auf- und Abrollen, der Rollweg G stellt die Verbindung zur Ramp 1 und damit dem Regierungsstandort sicher. Zusätzlich wurden mit dem neuen Vorfeld 3b Stellplätze für weitere fünf Luftfahrzeuge geschaffen.