Der Flughafen Basel-Mühlhausen empfiehlt allen Reisenden, sich mindestens zwei Stunden vor Abflug am Check In-Schalter der jeweiligen Fluggesellschaft einzufinden. Für den Check-in-Vorgang, die Sicherheitskontrolle und auch das Boarding sollte genügend Zeit eingeplant werden. Insbesondere in Stoßzeiten kann sich das Sicherheitsprocedere auch etwas länger hinziehen, zumal einige Fluggesellschaften auch separate Maßnahmen durchführen können. Einzelne Fluggesellschaften fordern sogar eine Ankunft von drei bis zu vier Stunden vor Abflug. Fluggäste sollte sich daher auf jeden Fall bei ihrer Fluggesellschaft über die entsprechenden Zeiten informieren.
Nach dem Check In sollten sich die Reisenden unverzüglich zu den Sicherheitskontrollen begeben.
Vorabend Check In
Einige Fluggesellschaften bieten die Möglichkeit eines Vorabend Check Ins für Abflüge bis 12 Uhr am Folgetag. Aktuell (Stand Juni 2020) sind das Austrian Airlines, Brussel Airlines und Lufthansa. Der Vorabend Check-In findet dabei zwischen 19:00 Uhr und 20:30 Uhr auf der Schweizer Seite statt.