In Messaria, das fast in der Mitte von Santorin liegt, kreuzen sich die Hauptverkehrswege der Insel. Das Dorf, das sehr unter dem Erdbeben von 1956 gelitten hat, konnte sich trotzdem seinen ursprünglichen Charakter erhalten. Zahlreiche Handwerker haben hier in den verwinkelten Gassen ihre Werkstätten und Läden. Hier findet man traditionelle kykladische Architektur mit weißen Häusern und engen Gassen. Der Ort strahlt Ruhe und Authentizität aus, da er weniger von Touristen frequentiert wird als die Küstenorte.
Mesaria ist bekannt für seine Kirchen, darunter die beeindruckende Kirche von Panagia Episkopi, die zu den ältesten Kirchen auf Santorin gehört. Außergewöhnlich mutet die Kirche des Heiligen Demetrius im Zentrum an, die nicht wie die anderen Kirchen der Insel in gleißendem Weiß erstrahlt, sondern in ihrer Fassade mit dunklem Lavagestein durchsetzt ist. Rund um den Kirchplatz stehen einige alte Herrenhäuser, die die Naturkatastrophe überstanden haben, darunter auch das klassizistische Archóntiko Argýrou, die prächtige Villa eines Weinhändlers, die heute ein Museum und ein Hotel beheimatet. Die Gegend um Messari ist eines der bedeutendsten Weinanbaugebiete auf Santorin.